Six mois ont passé depuis la victoire de Daniel au Tournoi des Arts Martiaux. Alors qu'il devait partir à Fresno pendant deux mois pour suivre sa mère, M. Miyagi propose d'héberger Daniel chez lui. Mais son séjour est compromis suite à la réception d'une lettre venant d'Okinawa, île natale de M. Miyagi, et annonçant à ce dernier que son père est gravement malade. M. Miyagi décide donc de se rendre à son chevet. Juste avant d'embarquer à bord de l'avion, Daniel rejoint son maître et ils partent ensemble pour Okinawa.
M. Miyagi avait autrefois quitté Okinawa du jour au lendemain afin d'éviter un combat contre son meilleur ami, Sato, combat à mort qui devait avoir lieu pour laver l'honneur de ce dernier, les deux hommes étant épris de la même femme, Yukie, mais cette dernière avait été promise à Sato.
Arrivé à Okinawa, ils sont réceptionnés par Chozen, le neveu de Sato, qui les emmène dans un hangar où ce dernier les reçoit. Sato n'a pas oublié sa rancœur et veut toujours défendre son honneur. Ce combat aura lieu dès que Miyagi aura rendu visite à son père malade, qui n'est autre que le senseï des deux amis d'antan.
Le village natal de Miyagi a bien changé : il appartient désormais à Sato et ce dernier en tire des impôts, recueillis par son neveu Chozen. L’amour d’antan de Miyagi, Yukie, est toujours présente et ne s’est finalement jamais mariée. En outre, elle a une nièce, Kumiko, institutrice rêvant d’apprendre la danse et dont Daniel va tomber amoureux.
Miyagi refusant toujours le combat avec Sato, ce dernier décide de raser le village en guise de représailles. Afin d’éviter cela, Miyagi accepte finalement le combat. Au même moment, le père de Miyagi rend son dernier souffle, ce qui pousse Sato à lui accorder trois jours de deuil avant le combat. Entretemps, Daniel, de plus en plus proche de Kumiko, va avoir quelques démêlés avec Chozen.
Le soir du combat, une terrible tempête s’abat sur le village, brisant le temple dans lequel se préparait Sato. Miyagi se lance à sa rescousse et sauve son vieil ami, tandis que Daniel sauve une petite fille en danger et que Chozen refuse d’aider, ce qui mène Sato à renier ce dernier. Miyagi et Sato sont enfin réconciliés et ce dernier, suite à une demande de Daniel, permet aux villageois d’organiser la fête O-Bon dans le vieux château du village comme le veut une ancienne tradition.
Lors de cette fête, Kumiko danse pour les villageois. Mais sa danse est interrompue par l’arrivée de Chozen qui veut se battre avec Daniel pour laver son honneur. Daniel finit par battre Chozen, pourtant senseï des troupes américaines basées à Okinawa, grâce à la technique du Tambourin.
