Die Invasion wurde gestoppt, wir waren in der Lage Buster und Constance zu retten und haben persönlich nicht nur Satans Roboter zerstört, sondern auch Doktor Chaotica endgültig getötet. So wurden wir nach unserer Rückkehr zur Erde natürlich als Held willkommen geheißen und es gab nach dem Sieg über die Reptoiden, Felina und Chaotica auch endlich mal einen Grund für längere Zeit Ruhe und Frieden, gerade weil man sich noch rechtzeitig mit Arachnia einigen konnte. Ein paar Wochen später, spielt allerdings plötzlich das Klima auf der Erde verrückt und die Recherchen eines dafür eingerichteten Expertenteams hat herausgefunden, dass der Grund tatsächlich im All liegt. Schon bald identifiziert man die Quelle auf dem Mars und bei genauerer Aufklärung muss man feststellen, dass Chaotica doch nicht so tot ist, wie wir bisher angenommen hatten. Denn die Anlage wurde von Doktor Chaotica erbaut, der einen riesigen Laser auf der Oberfläche errichtet hat, mit der er die Erde beschießt. Natürlich werden wir als Captain Proton aus unserem Urlaub geholt, um den Kampf gegen Doktor Chaotica wieder aufzunehmen. Dabei ist unsere Landung auf dem Mars in der Nähe dieser Basis natürlich nicht verborgen geblieben und bekommen es auch sofort mit Chaoticas Truppen zu tun, die natürlich verhindern sollen, dass wir auch überhaupt das Landefeld hinter einer Tür erreichen. Befanden wir uns zulange im Urlaub, weshalb wir etwas eingerostet sind oder sind wir für Chaotica nach wie vor der gefährlichste Gegner?
