Le bureau des légendes est à nouveau sous le contrôle de JJA, déterminé à y remettre de l'ordre. Des fuites dans la presse réveillent sa paranoïa, ce qui inquiète particulièrement Sisteron et Ellenstein. Mille Sabords, un nouvel agent clandestin, enquête sur la mort de Paul Lefebvre tout en tentant d'approcher les services secrets saoudiens. César, lui, est infiltré auprès des cyber-combattants du FSB qui préparent une vaste opération. Outre l'arrivée de Louis Garrel, cette 5e saison est marquée par le départ de son emblématique créateur Eric Rochant, qui passe le flambeau à Jacques Audiard, qui réalise les deux derniers épisodes.
