Depuis 2021, deux fromageries produisant du comté ont été condamnées par le tribunal de Besançon à la suite du rejet d’eaux polluées dans la vallée de la Loue Un appel au boycott qui a provoqué la levée de boucliers de certains producteurs laitiers qui s'indignent rappelant qu’ils sont déjà soumis à un des cahiers des charges les plus restrictifs en France.
