Yves Bonnet intègre le corps préfectoral en 1958. Sous-préfet puis préfet, il est nommé par François Mitterrand directeur de la Direction de la surveillance du territoire (DST); il est le président-fondateur du Centre international de recherches et d’études sur le terrorisme et l’aide aux victimes du terrorisme (CIRET-AVT).
Discours prononcé à l'occasion de la manifestation d'oposants iraniens au régime des mollahs du 4 mars 2011, à Paris